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허준의 책 중 가장 주목할 책은『동의보감』이다. 이 책은 왕명으로 1596년(선조 29)에 시작되어 14년 후인 1610년(광해군 2)에 완성을 보아 1613년(광해 5)에 출간되었다. 애초에는 허준을 책임자로 하여 유의(儒醫) 정작(鄭?), 다른 어의인 양예수(梁禮壽), 김응탁(金應鐸), 이명원(李命源), 정예남(鄭禮男) 등 5인의 공동 작업으로 시작했으나 정유재란으로 중단된 상태에 있다가, 이후 어느 시점에서 허준이 단독으로 책임을 맡아 책을 완성시켰다. 1608년(선조 41) 유배 이후 허준은 연구에 전념할 시간을 얻게 되었고, 유배지에서 단시간에 책의 절반 이상을 집필해냈다. 허준은 양생(養生) 사상을 중심으로 하여 중국 의학이론과 처방의 난맥상을 바로잡고, 향약 사용의 이점을 최대화하며, 최소한의 약의 분량으로 최대한의 의학적 효과를 얻으려는 데 힘썼다. 임진왜란으로 피폐해진 조선 사회 회복의 일환으로 획기적인 의학의 제공이라는 측면도 무시할 수 없다. 세계질병사의 관점에서 볼 때, 『벽역신방』도 크게 주목을 끈다. 허준은 성홍열에 대한 예리한 관찰과 합리적인 추론을 통해 이 미지(未知)의 병이 홍역을 비롯한 유사한 질환과 구별되는 병임을 밝혔다.

동의보감은 5개 강목으로 나뉘어 있는데 내경편(內景篇) 6권, 외형편(外形篇) 4권, 잡병편(細隋篇) 11권, 탕액편(湯液篇) 3권, 침구편(鐵炎篇) 1권 이다. 내경편에는 신형(身形), 정(精), 기(氣), 신(神), 혈(血), 몽(夢), 성음(聲音), 언어(言語), 진액(津液), 담음(炭飮),오장육부 포(胞), 충(蟲), 대소변둥 내과에 딸린 질병과 함께 수양·양로 병들과 목록이 부기 되어 있다. 외형편에는 두(頭) · 면(面) · 이(耳) · 비(鼻) · 구설(口舌) · 치아· 인후· 두항(頭項) · 배(背)에서 흉(胸) · 복(腹) · 요(膜) · 협(脇) 및 사지· 피(皮)· 육(肉) · 골근· 모발· 전후음(前後陰)등에 이르는 외과 적질병이 기록 되어 있다. 잡병편에는 천지기운· 심병(審病) · 변증(辨證) · 진맥(軫脈) · 용약(用藥)등 진단법으로부터 풍(風) · 한(寒) · 서(暑) · 조(煥) · 화(火) · 내상· 허로· 곽란· 구토· 해소· 적취(積緊)· 부종· 창만(服滿)· 소갈· 황달· 온역(卿交) · 괴질등 내과질환과 웅저(維府) · 제창(諸床)· 제성(諸傷) 등 외과질환들이 혼집(混雜) 되어있고 그밖에 부인과· 소아과가 따로 침부되어있어 각 병상들을 그 증후에 따라 배열하였다.

당액편에는 탕액서례로서 채약법(採藥法) · 건약법(乾藥法) 삼품약성(三品藥性)· 수제법(修製法)· 제약법 · 탕산환법(湯散丸法) · 자약법(想藥法) · 복약법· 오미약성(五味藥性) · 기미승강(氣味升降)등의 사례를 기록하였다. 침구편에는 구침제법(九鑛制法)에서 연침법(鍊鐵法) · 화침법(火敏法) · 점혈법(點穴法) · 제애법(製文法) · 구법(炎法) · 침보사법(鐵補潟法)등과 같이 서설적 논제(論題) 등을 들고 그다음에 십이경맥 의유 · 주 · 수혈들의 소재부위를 자세히 기입하여 근세 임상의학의 각과 각 과와 함께 약물학 및 침구술에 관한 일반적지식이 거의 포괄되어 있음을 짐작 할수 있다. 이책에서의 동의보감 단방은 내경 외형 잡병에 있는 병들의 처방인 단방들을 모두 모아 놓았다. 우리가 일상 생활에서 쉽고 편하게 사용할 수 있고 한가지 약재로 병을 고질수 있도록 쉽고 편하게 엮어 놓아 어려운 동의보감을 일상생활에서 쉽게 활용 할수 있었으면 하는 바램이다.

내경편(內景篇)

10 -신형
25 -정精
35 -기氣
45 -신神
54 -혈血
62 -꿈?
68 -목소리
72 -진액津液
80 -담음坡飮
88 -5장과6부 五脇六腕
95 -간장肝腦
101 -심장
108 -비장牌脇
115 -폐장
122 -신장?藏
129 -담부
131 -위부胃腕
139 -소장부
142 -대장부大腸腑
148 -방광부勝腕腑
153 -3초부三焦腑
157 -포胞
170 -충蟲
183 -오줌小便
198 -대변大便

외형편外國篇

222 -머리頭
231-얼굴面
242 -눈眼
262 - 귀耳
270 -코鼻
275 -입과혀口舌
285 -이빨牙齒
296 -목구멍昞限
306 一목類項
308 -등背
310 -가슴胸
324 -젖乳
331 -배腹
336 - 허리
344 -옆구리脇
347 -피부皮
357 -살肉
364 -맥脈
369 -힘줄筋
374 -뼈骨
379 -손手
384 -발足
391 -머리털毛髮

잡병편維病篇

398 -천지운기天地運氣
408 -땀汗
412 -설下
417 -풍風
432 -상한傷寒
438 -서署
440 -습濕
442 - 화火
455 - 내상內傷
466 -허로虛勞
478 -곽란
485 -구토唱吐
496 -기침暎職
506 -적취租燦
514 -부종浮膳
523 -창만服滿
528 -소갈消漏
540 -황달黃迫
549 -학질疾
555 -온역盤度
563 -사수
5,3 -옹저羅消
585 -- 여러 가지 창종 諸范
597 - 여러 가지 외상 諸傷
618 -부인병 婦人病
635 一어린이병 小兒病