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▶ 이 책은 한국법제연구원의 기업의 창업 투자촉진을 위한 조세특례제도 연구를 다룬 정부간행물입니다.

Ⅰ. 배경 및 목적
▶ 창업.투자촉진 관련 조세특례의 필요성
○ 조세특례는 조세법령에서 규정하고 있는 일정한 요건에 해당하는 경우 과세대상에서 제외하거나 특례세율과 세액감면, 세액공제, 소득공제 등 비과세.감면 적용을 통해 이루어지는 조세감면을 말함
○ 중소기업에 대한 조세특례로는 창업, 중소기업 육성 등의 목적으로 ‘창업중소기업 등에 대한 세액감면’, ‘중소기업의 경영 지원을 위한 중소기업에 대한 특별세액감면’, ‘중소기업 등 투자세액 공제’제도 등이 운용
○ 투자촉진을 위한 주요 조세특례 항목으로는 ‘생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제’, ‘에너지절약시설 투자에 대한 세액공제’, ‘환경보전시설 투자에 대한 세액공제’, ‘고용창출투자세액공제’, ‘외국인투자에 대한 법인세 등의 감면’ 등이 해당
○ 기업에 대한 창업.투자 관련 조세특례 적용의 대상 및 기준과 이에 의하여 발생되는 파급효과 및 영향은 해당 기업의 경영성과 및 기업가치의 제고 뿐만 아니라, 더 나아가 국가경제의 운영 및 기업환경.일자리에 막대한 영향을 주고 있음
○ 공정하고 효율적인 조세특례제도의 운영은 통한 공정하고 투명한 시장경제와 질서의의 구현 및 기업에 대한 투자활성화, 중소.중견기업의 성장력 및 성과 제고, 창업환경 조성 및 창업활동의 활성화 등 정책수단의 기능을 가능
▶ 조세특례 규정의 적용상 문제
○ 개별법 차원의 세제지원 근거 규정은 비과세.감면을 통합관리하려는 「조세특례제한법」 입법 취지에 배치되는 것이고 개별법상 세제지원에 대한 재량규정의 실익이 없음
○ 실제, 산업의 여러 분야에서 기업에 대한 창업.투자활성화를 위한 조세특례 제도가 입법되어 있으나 조세지원을 위해서는 「조세특례제한법」등 조세관련 법의 특례대상에 포함되어야 하고 이 과정에서 지원법과 조세관련 법의 대상 및 적용상에 차이점이 발생하거나 당초 지원법의 목적과 달리 운용되는 경우 발생
▶ 기업의 창업.투자촉진 관련 조세특례 입법기준 설정의 필요성
○ 현행 기업의 창업과 투자에 관한 각종 지원법상의 ‘조세감면’, ‘세제지원’ 등 조세특례 입법에 대한 기준이 없이 산발적, 중복적으로 입법되고 있음
○ 실제 입법진행 과정에서 조세감면, 특례적용 관련 정부간 협의가 선행되어야 함에도 불구하고 정책적 목적이나 정치적인 목적으로 특례규정을 우선 입법하고 사후적인 조정이 이루어짐
○ 따라서 조세특례 관련 입법당시부터 조세특례 규정을 입법하기 위한 일정한 기준을 설정하고, 입법과정상의 프로세스를 마련할 필요가 있음
▶ 기업의 창업.투자 관련 법령의 조세특례제도 관련 정비
○ 이 연구는 조세특례제도의 일반론적인 접근에 기초하여 특례대상의 명확화, 일몰규정의 합리적인 적용, 입법기준 또는 입법시 고려사항에 대한 검토를 진행하여 조세특례입법의 방향성을 제시하며, 기업투자 관련 법령의 조세특례제도의 실효적 측면의 평가와 효율적인 조세지원제도 시행을 위한 법제 정비방안 제시함을 목적으로 함

Ⅱ. 주요 내용
▶ 기업의 창업.투자관련 조세특례제도 운용
○ 창업.투자관련 조세특례제도 현황 및 입법현황
- 조세감면에 관한 조세특례제도는 다른 특례규정과 다르게 「조세특례제한법」에서 조세감면 등 조세특례에 관한 규정을 둘 수 있는 법률을 제한적으로 규정
- 현행 「조세특례제한법」상 중소기업의 조세특례에 관한 내용은 제2장 "직접국세”의 장에서 제1절 "중소기업에 대한 조세특례”의 절에 규정
○ 창업.투자관련 조세특례 평가 분석
- 창업중소기업에 대한 세액감면과 중소기업의 투자세액공제는 일몰기한이 도래하였을 때에, 조세특례 심층평가를 통하여 모두 일몰연장이 필요한 것으로 판단되어, 현재까지 그 제도가 유지
- 이는 조세특례 심층평가에서 제기되 다양한 의견과 논의 그리고 부정적 의견에도 불구하고, 종합적으로 판단하였을 때에 제도운영의 타당성과 필요성이 인정된 것임
- "창업중소기업에 대한 세제감면”과 "중소기업의 투자세액공제”에 대한 심층평가는 효과성과 경제성에 대하여 이를 통계적으로 분석하여 그 성과를 파악하는 것은 다양한 설계방식과 변수 등을 고려해야하기 때문에 현실적으로 신뢰성 있는 결과치를 확보하는데 어려움이 있음
- 따라서 평가에 있어서 유의미한 결과치는 제도의 효과성.경제성 보다는 타당성에 집중하여 의미를 파악하는 것이 보다 바람직
○ 조세특례제의 관리체계
- 「조세특례제한법」에서는 제142조에서 ‘조세특례의 사전.사후관리’ 규정을 두고 그 구체적인 절차를 마련해 두고 있고 「국가재정법」에서도 일부 절차를 규정
- 「조세특례제한법」에 조세지출 성과관리체계가 도입되어 강화되고 있는데, 2013년 전문기관을 통한 평가제도를 도입하였으며 2015년부터 ‘조세특례 심층평가’ 및 ‘예비타당성 조사’ 등의 제도가 시행
- 「조세특례제한법 시행령」 제135조제5항에서는 사후평가의 내용을 규정하고 있는데, 구체적으로는 ① 목표 달성도, 경제적 효과, 소득재분배 효과 및 재정에 미치는 영향 등 조세특례의 효과성에 대한 분석, ② 정책 목적과 대상 및 수단의 적절성 등 조세특례의 타당성에 대한 분석, ③ 조세특례의 성과를 저해하는 원인과 그 개선방안에 대한 분석이 포함
▶ 조세특례제도의 입법기준 설정을 위한 검토
○ 조세특례입법을 위한 원리와 기준
- "공평”과 "효율”은 입법적 측면뿐만 아니라, 조세정책의 방향설정에 있어서 가장 기본적인 원칙에 해당하며, 조세입법 또는 조세특례입법에 있어서 "공평”과 "효율”을 기준으로 입법과정을 진행해야 한다는 명제는 "조세중립성의 원칙”에 근거
- 조세특례에 있어서 위임입법의 원리를 보면, 조세법에 있어서는 "조세의 종목과 세율은 법률로 정한다”는 헌법상의 원칙인 조세법률주의가 별도로 존재하므로, 조세법률주의의 구현 관점에서 입법을 하게 되고, 행정입법을 통제
- 조세지출(조세특례)의 특징에 따른 입법기준으로는 특정성, 대체가능성, 폐지가능성, 측정가능성, 불상쇄성을 들 수 있음
○ 조세특례 일몰규정 관련 검토
- 「조세특례제한법」은 중소기업에 대한 여러 가지 조세특례를 두고 있는데 이들 규정에 대한 적용기간을 특정하는 일몰규정의 형식
- 조세특례제도의 일몰제가 제대로 적용되지 않는다면 한정된 세수로 분배하여 운영하는 국가재정사업에 긍정적인 영향이 되지 못할 것임
- 조세감면 혜택 밖에 있는 납세자들에 대해서는 역차별적 정책으로 변질될 우려가 있으므로 보다 엄격한 평가를 통해 처음 입법될 당시의 정책목적의 실현 등 아래 제시하는 존속여부 판단의 기준에 따라 실질적인 일몰규정의 적용이 이루어져야 할 필요
- 조세특례 일몰규정 존속여부에 대해서는 조세평등주의의 관점과 정책적 조세의 입법목적 달성 여부, 명백한 존속 사유 관련 검토가 진행되어야 함
○ 창업.투자 조세특례 관련 입법논의과정 검토.분석
- 입법논의과정에서는 조세지출의 개념상 내용인 "대체가능성”의 관점에서 창업기업에 대한 직접적인 지원방식과 간접적인 지원방식이 다양하게 산재되어 있는 상황이지만, 대체가능성이 충분히 존재함에도 불구하고, 시장의 자율적인 활성화를 도모하기 위한 조세특례지원방식의 선택이 이루어진 것으로 판단
- 시설투자에 대한 조세특례지원은 연구개발.인력개발에 대한 조세특례지원과 유사한 성격을 가짐
- 시설투자가 산업전반에 걸친 중요한 투자영역으로 여겨지기 때문에, 시장상황과 대외환경 등의 영향을 직접적으로 받게 되어 객관적이고 보편적인 기준 보다는 시기적 상황과 시장의 여건에 따라서 일몰여부가 결정되는 경우가 많이 발생
▶ 미국.일본과 우리나라 조세특례제도 문제의 공통점
○ 조세특례에 해당하는 조문의 도입시에는 기간을 정하여 일몰되도록 하였으나 연장되는 경우가 빈번히 발생하여 적용 대상자와 업종.규모가 제한되며 기득권화됨
○ 특히 문제가 되는 것은 이것이 특정 산업이나 업종에 치우쳐 있고 특정 기업에 집중된 특권 우대 세제가 되었거나 기업 활동이나 업종에 대해 세제의 중립성을 저해하고 있다는 지적
○ 미국과 일본에서도 세부담의 공평성에 저해가 된다는 사실에도 불구하고 소기업 또는 중소기업에 대한 조세부담을 낮춰 경쟁력을 갖출 수 있도록 하고 비록 추상적이라 할지라도 특정한 정책목표를 설정하고 이를 근거로 하여 특례를 도입
○ 소기업 또는 중소기업의 범위가 법률로 정해져 있으나 이들에 대한 동일한 내용의 특례를 부여하는 것이 아니라 특정산업이나 자본등급별(기업규모별) 특례기준을 마련하거나 별도의 대상요건을 세법에 추가하여 실제로는 적용대상을 좁히는 효과 발생
○ 기업에 대한 특례조문의 적용요건이 다양화되어 ‘간소함’이라는 세제의 일반기준이 적용된 법체계를 갖추기에는 어려운 상황이라는 점도 공통적으로 발생
▶ 기업의 창업.투자 관련 조세특례 개선방안
○ 조세특례 일반에 관한 개선사항
- 「조세특례제한법」 제3조에서 정한 바와 같이 조세특례에 대해서는 「조세특례제한법」을 비롯한 각 조세법에서 정하도록 하는 것을 원칙으로 함
- 다만, 이미 조세특례에 관한 사항이 규정되어 있는 지원법상의 근거조문들에서는 「벤처기업법」에서와 같은 별도의 감면대상이나 감면절차를 두지 않도록 할 필요
- 일몰규정의 합리적 적용을 위해서는 정책적 조세감면 규정의 구체적 목표 제시, 조세감면 규정 신설시 일몰규정 우선 폐지, 정기적 조세감면 규정 폐지 검토, 단순 연장 절차 진행의 방지, 세수확충 차원에서의 검토, 지방세와의 연계 검토 방안을 제안
- 한편, 입법기준의 설정 및 구체화를 위하여 조세특례제도의 국회 입법과정을 살펴보았으나, 명확하고 일관성있는 입법기준 또는 심의기준은 발견되지 않음
- 조세특례제도에 대해서는 "특정성”, "대체가능성”, "폐지가능성”, "측정가능성”, "불상쇄성”의 특성을 조세특례입법의 기준으로 사용
○ 기업의 창업 관련 조세특례의 개선방안
- 창업중소기업에 대한 세액감면 기간, 창업지역 기준에 따른 조세특례, 창업벤처기업의 유효기간 만료 등에 대한 개선방안 제시
○ 기업의 투자 관련 개선방안
- 창업자 등에의 출자에 대한 과세특례, 시설투자 등 투자활동에 대한 특례규정에 대해 조문별 개선방안 제시

Ⅲ. 기대효과
○ 기업의 혁신성장 및 기업투자 활성화를 위한 세제지원 개선안 자료로 활용
○ 「조세특례제한법」 등 조세특례 관련 법령 개정자료로 활용
○ 고용창출, R&D, 기업구조조정 등 다른 분야의 조세특례 제도 추가연구를 위한 자료로 활용

제1장 서 론 / 27
제1절 연구의 목적 29
제2절 연구의 범위 및 방법 33

제2장 기업의 창업.투자관련 조세특례제도 운용 / 37
제1절 조세특례제도 일반론 39
Ⅰ. 조세특례의 개념 39
Ⅱ. 조세특례의 근거 및 내용 44
Ⅲ. 조세특례의 방식 56
제2절 창업.투자관련 조세특례제도 현황 및 입법현황 59
Ⅰ. 기본 현황 59
Ⅱ. 창업 관련 조세특례제도 현황 75
Ⅲ. 투자 관련 조세특례제도 현황 81
제3절 창업.투자관련 조세특례 평가 분석 90
Ⅰ. 최근 조세특례 현황 90
Ⅱ. 창업중소기업 등에 대한 세액감면 평가 분석 95
Ⅲ. 중소기업 등 투자 세액공제 평가 분석 105
Ⅳ. 종합평가 114
제4절 조세특례의 관리체계 115
Ⅰ. 조세특례의 관리 개요 115
Ⅱ. 총량적 관리 116
Ⅲ. 개별적 관리 118

제3장 조세특례제도의 입법기준 설정을 위한 분석 / 123
제1절 조세특례입법을 위한 원리와 기준 125
Ⅰ. 공평과 효율에 따른 검토 125
Ⅱ. 법원칙에 따른 검토 132
Ⅲ. 조세지출의 개념에 따른 검토 147
제2절 조세특례 일몰규정 관련 검토 151
Ⅰ. 일몰규정의 의의와 특징 151
Ⅱ. 조세특례제한법상 특례의 사후관리와 일몰제의 적용 153
Ⅲ. 조세특례 일몰규정의 존속여부 판단의 기준 157
제3절 창업.투자 조세특례 관련 입법논의과정 검토.분석 160
Ⅰ. 임시투자세액공제제도 160
Ⅱ. 고용창출투자세액공제제도 166
Ⅲ. 창업 관련 조세특례 171
Ⅳ. 연구개발.인력개발 투자 조세특례 183
Ⅴ. 시설투자 조세특례 194

제4장 창업.투자 관련 조세특례제도 해외 입법례 / 207
제1절 서 설 209
제2절 미 국 210
Ⅰ. 조세지출의 의의 210
Ⅱ. 창업지원 관련 조세특례 제도 214
Ⅲ. 투자관련 조세특례제도 217
제3절 일 본 223
Ⅰ. 특별조세조치의 입법절차 223
Ⅱ. 중소기업에 대한 특례의 적용배경 225
Ⅲ. 창업지원 관련 조세특례제도 226
Ⅳ. 투자 관련 조세특례제도 229
Ⅴ. 조특투명화법에 따른 조세특별조치 적용실태 234
제4절 소 결 235

제5장 기업의 창업.투자 관련 조세특례 개선방안 / 239
제1절 조세특례 일반에 관한 개선방안 241
Ⅰ. 특례대상의 명확화 241
Ⅱ. 일몰규정의 합리적 적용 246
Ⅲ. 입법기준의 설정 및 구체화 필요 251
제2절 기업의 창업 관련 조세특례의 개선방안 261
Ⅰ. 창업중소기업에 대한 세액감면 기간 검토 261
Ⅱ. 조세특례 기준으로서 연령에 관한 문제 263
Ⅲ. 창업지역 기준에 따른 조세특례 264
Ⅳ. 위임입법원칙의 위반 검토 266
Ⅴ. 창업벤처기업의 유효기간 만료 268
제3절 기업의 투자 관련 개선방안 270
Ⅰ. 투자 분야의 전환에 따른 조세특례제도 변경 270
Ⅱ. 투자대상 기업 확대 273
Ⅲ. 기업규모별 투자 관련 조세특례 차등 적용 276

제6장 결 론 / 281

참고문헌 291