시라고에 다니는 고등학생 주인공 ‘요시나 아게하’는 우연한 계기로 PSYREN이라고 적힌 빨간 전화카드를 손에 넣게 된다. 며칠 후, 같은 전화카드를 가지고 있던 소꿉친구 ‘아마미야 사쿠라코’가 실종된다. 

아게하는 그녀의 실종과 도시괴담 ‘비밀결사 사이렌’의 관련성을 조사하기 위해 유일한 연락수단인 빨간 전화카드를 사용한다. 그리고 이튿날, 학교에 형사를 사칭한 남자 2인조가 나타나서 아게하를 공격해 도움을 요청하려고 휴대폰을 연 순간, 아게하의 눈앞에는 온통 본 적도 없는 황야가 펼처지고, 아게하는 목숨을 건 게임에 말려든다.

두 번의 모험에서 실력 부족을 통감한 아게하 일행은 신체 능력을 강화하는 라이즈를 특훈한다. 또한 오보로와 함께 엘모어 우드에 간 아게하는 PSI를 다루는 아이들을 만나 ‘메르제 도어’를 제어하는 힌트를 얻어낸다.

그리고 사이렌으로 날아간 아게하 일행은 세계 붕괴에 관한 단서를 찾아 카부토네 삼촌의 별장으로 가게 되는데….


[출판사 서평]
두 번에 걸친 사이렌에서의 모험을 통해 실력부족을 통감한 아게하 일행은 신체능력을 강화하는 라이즈를 특훈한다. 그리고 아게하는 자신이 가진 칠흑의 버스트를 제어하는 훈련을 개시한다. 한편 오보로는 텐쥬인 엘모어에게 불려가는데…?!