시라고에 다니는 고등학생 주인공 ‘요시나 아게하’는 우연한 계기로 PSYREN이라고 적힌 빨간 전화카드를 손에 넣게 된다. 며칠 후, 같은 전화카드를 가지고 있던 소꿉친구 ‘아마미야 사쿠라코’가 실종된다. 

아게하는 그녀의 실종과 도시괴담 ‘비밀결사 사이렌’의 관련성을 조사하기 위해 유일한 연락수단인 빨간 전화카드를 사용한다. 그리고 이튿날, 학교에 형사를 사칭한 남자 2인조가 나타나서 아게하를 공격해 도움을 요청하려고 휴대폰을 연 순간, 아게하의 눈앞에는 온통 본 적도 없는 황야가 펼처지고, 아게하는 목숨을 건 게임에 말려든다.

현실 세계로 돌아온 아게하 일행은 아마미야의 스승 ‘야구모 마츠리’로부터 사이렌의 무서운 룰을 전해 듣고 생존을 위해 사념의 힘 PSI를 익힌다. 

두 번째 소집에서 아게하 일행은 히류가 찾고 있던 타츠오와 거대한 ‘윔’의 공격을 받게 된다. 아게하 일행은 사투 끝에 온전한 정신으로 돌아온 타츠오의 도움을 받아 가까스로 현대로 귀환하지만 타츠오는 홀로 사이렌에 남게 되는데….


[출판사 서평]
또다시 사이렌 세계에 소집된 아게하 일행에게 거대한 '웜(벌레)과 PSI의 힘이 담긴 총을 사용하는 의문의 남자의 공격이 시작된다!
남자가 탄환이 떨어진 총을 충전하는 사이에 사태의 타개를 시도하는 일행.
그러나 오보로와 카부토에게 감염증세가 나타나는데?!