배교자 군대를 이끄는 커츠대령을 암살하라는 명령을 받은 윌리아드 중위는 임무수행을 위해 험난한 밀림으로 떠난다. 윌라드와 일행은 메콩강을 따라 목적지로 가는 동안 바그너의 음악을 틀어 놓고 융단 폭격을 해대는 전쟁광 킬고어 대령을 만난다. 윌라드는 쇼 걸의 위문공연에 광란하는 병사들의 모습을 목격하며 서서히 광기에 휩싸이는 자신을 발견한다.
그들은 마침내 원주민에 둘러싸여 시체와 해골이 널린 커츠 대령의 왕국에 도착하게 된다. 윌라드는 우연히 만나게 된 사진기자의 도움으로 커츠 대령에게 접근하는데 성공한다. 자신을 암살하기 위해 윌라드와 그의 대원들이 왔음을 감지한 커츠는 그들에게 오히려 융숭한 대접을 한다. 원주민들이 소를 죽이는 축제의 밤에 윌라드는 커츠를 살해하려 한다. 그러나 커츠는 한치의 반항도 없이 죽음을 담담히 받아들인다.
감독의 회고에서 “우리는 미국이 베트남에서 전쟁을 치를 때와 똑같은 방식으로 영화를 찍었다. 우리의 인원은 너무 많았고, 돈과 장비도 너무 많이 낭비됐고, 조금씩 우리는 미쳐갔다.”고 했다. 마약과 히스테 리에 쌓인 베트남 전쟁이라는 쇼처럼 <지옥의 묵시록> 영화 그 자체도, 영화 스태프들도 방향감각을 잃어버렸다. <지옥의 묵시록>은 뉴아메리칸 시네마의 레퀴엠이다.
2001년 리덕스 판으로 재편집, 상영되었다.