1750년, 스페인과 포루투갈은 남미 오지에 있는 그들의 영토 경계 문제로 합의를 보았으나 유럽 한구석의 탁자 위에서 그은 선이 얼마나 끔찍한 사태를 불러 일으킬 지 아무도 관심이 없었다. 그곳에서 선교활동을 하던 제수이트 신부들은 과라니족을 감화시켜 근대적인 마을로 발전시키고 교회를 세우는데 성공한다. 신부들 중에 악랄한 노예상이었던 멘도자는 가브리엘 신부의 권유로 신부가 되어 헌신적으로 개화에 힘쓰고 있었다.
새로운 영토 분계선에 따라 과라니족의 마을은 무신론의 포루투갈 식민지로 편입되고, 불응하는 관라니족과 일부 신부들을 설득하려는 추기경이 파견되지만 결과는 포루투갈 군대와 맞서 싸운 과라니족의 전멸로 끝난다.

두 신부의 폭력에 대처하는 방법을 보면 마치 흑인 인권 운동가 였던 말콤 X와 마틴 루터 킹 목사를 보는 듯하다. 영화의 결말이 폭력에 맞대응하는 편이나 평화적으로 시위하는 편 모두 비극으로 끝나는 것은 폭력과 탄압은 근원적으로 큰 과오임을 나타내는 듯하다. 종교적 이유에서든, 지식의 이름을 등에 업고서든 말이다.
엔니오 모리코네가 작곡한 이 영화의 음악은 마치 자연의 소리를 음악으로 표현한 것처럼 굉장히 아름답다. 남미 원주민들의 토속음악과 접목시킨 시도과 오보에의 청량한 음색은 영화의 공간적 배경과 완전히 일치된다. 영화의 마지막 장면에서 학살로 부터 살아남은 원주민 소녀가 칼과 바이올린중 바이올린을 선택해서 손에 쥐는 모습은 대단한 여운을 남겨준다.