고교생 명탐정 신이치는 악당들이 먹인 독약의 부작용으로 어린아이처럼 몸이 줄어든다.원래의 몸으로 돌아갈 때까지 '코난'이란 이름으로 모리 탐정을 도와, 뛰어난 추리력으로 사건들을 해결, 대 활약을 보여준다.