범인이라 추정되어지는 라스베트 살란데르를 잡기 위해 스웨덴 경찰은 팀을 꾸리게 된다.

그 팀에는 밀턴 시큐리티 안에서 모종의 사건으로 인해 라스바트에게 적개심을 가지고 있는 니클라스 에릭슨와 못말리는 비열한 여성비하주의자 한스 파르테와 객관적으로 사건을 풀어나가고자 노력하는 팀장 부블란스키 형사, 홍일점 소니아모디그가 한 팀을 이루게 된다.

 

미카엘은 해커인 라스베트와 연결하려고 노력하는 도중 자신의 컴퓨터를 통해 라스베트와 대화를 나눌 수 있게 된다. 라스베트는 "살라"라는 힌를 주고 미카엘은 이 힌트에 매달려 다른 각도로 사건을 조사한다. 또한 다그 스벤슨이 책을 쓰기 위해 접촉했던 "증인"들을 만나러 다니게 되고 그 중에서 군나르 비에르크를 어려움 끝에 만나게 되고 사건의 배후에 개인이 아닌 국가적인 모종의 개입이 있다는 사실을 알아내게 된다.

 

라스베르의 레즈비언 친구인 미리암 우는 이 사건으로 인해서 악의적인 언론의 공격에 시달리게 되고 라스베트를 찾으려는 살라로 인해서 위험한 상황에 빠지게 된다.

유명한 권투선수며 라스베트에게 권투를 가르쳐줬던 파올로 로베르트는 라스베트를 도와주고 싶은 마음에 미리암 우를 찾아가다가 그녀가 니더만에게 납치되는 현장을 목격하고 추격하여 격투끝에 미리암 우를 구해내게 된다.

 

미카엘은 "살라"가 라스베트의 아버지이고 소련에서 스웨덴으로 망명한 스파이라는 것을 알고 또한 스웨덴 정보부가 "살라"에게 소련의 정보를 얻기 위해 그의 허물을 감싸주고 덮어줬다는 사실을 알게 된다.

밀레니엄 1부가 미카엘 블롬크비스트에 대한 이야기였다면 불을 가지고 노는 소녀는 라스베트 사란데르에 대한 이야기이다

1부 마지막에서 미카엘에 대한 사랑에 대해 배신당했다고 생각한 라스베르는 베네르스룀 사건에서 뺏은 돈을 가지고 여행을 떠나게 된다.

그동안 라스베르의 후견이자 지난날의 죄로 라스베르의 감시를 받고 있던 닐스 비우르만은 그녀의 죽음에 대해 꿈꾸고 계획을 짜기 시작한다.

공교롭게도 라스베르를 제거하고자 고용한 덩치큰 금발머리가 "그"와 연결되어 있었기에 사건은 급물살을 타기 시작하며 라스베르의 과거가 한꺼풀씩 벗겨지고 만다.

 

출판사 밀레니엄에서 계약직으로 다그스벤손과 그의 부인이 조사하고 있던 여성 인신매매사건을 미카엘이 도와주게 된다. 그 과정에서 미카엘과 다그스벤손은 서로에 대한 신뢰와 믿음을 쌓게 되고 여성 인신매매사건이 생각보다 더 큰 범죄에 휘말려 있다는 것을 알게 된다. 그러던 와중에 다그 스벤손과 그의 부인이 살해당하게 되고 그 사건현장에서 라스베르의 지문이 발견되면서 두 사건이 뒤얽히기 시작한다.

 

스웨덴 경찰은 라스베르가 사회 부적응자이고 폭력전과가 있다는 이유만으로 범인으로 특정짓고 언론은 그에 동조해 사회적 분위기를 몰고가고 라스베르는 경찰과 "그" 양쪽에 쫒기는 신세가 되고 만다. 미카엘은 라스베르에 대한 믿음을 가지고 라스베르의 행방을 쫒는 한편 진짜 범인을 찾게 된다.

은교는 평범한 여자아이다. 아주 이쁜것도 색시한것도 영리한 것도 아닌 그냥 평범한 여자아이.. 그런 여자아이도 다른사람의 뮤즈가 될 수 있다.

이 이야기에서 이적요 시인과 그의 제자 서지우, 그리고 소녀 은교의 사랑과 질투, 그리고 그 속에서 다시 젊음을 되찾고 또 잃어버리기도 한다.

 

이적요 시인과 서지우와의 관계는 아주 미묘하다. 존경하는 선생님이기도 하고 어리석은 제자이기도 하지만 친혈육보다 서로를 아끼는 그런 관계이다. 이런 관계가 은교가 끼어들기 시작하면서 점차 달라지기 시작한다.

 

이적요 시인은 우연히 은교를 만나게 되고 그아이의 하얀 살결에 비치는 핏줄과 움푹팬 쇄골에 반하게 된다. 그러면서 육체적인 고비를 겪기도 하지만 정신적이고 시적인 영감을 불러일의는 사랑으로 승화시켰다고 생각한다. 그런 과정을 보면서 서지우는 존경하는 선생님의 정신을 뺏어간 은교에 대한 질투인지 아니면 파렴치하게 어린 은교를 욕망의 시선으로 바라보는 노인에 대한 분노인지 헤깔리는 감정을 겪게된다. 그러면서 서로에 대한 감정이 악화되게 되고 그동안 미묘하게 흘러왔던 서로에 대한 경멸과 분노가 점점 차오르게 된다.

 

이적요 시인의 작품으로 거짓등단을 한 서지우는 그동안 재능이 없음에 대한 열등감과 죄의식등으로 괴로워하다가 이일을 계기로 선생님에 대한 애증으로 폭발하게 된다. 또한 이적요 시인도 재능없는 제자에 대한 안쓰러움이 경멸로 변하게 되고 자신에게 없는 젊음에 대한 질투에 대한 애증으로 폭발하게 된다.

 

이적요 선생이 죽은 다음에 이적요 기념사업을 추진하든 Q변호사는 서지우의 죽음과 이 세사람의 사이의 충격적인 비밀을 알고 고뇌한다.