br에서 살아남은 나나하라슈야(후지와라타츠야)와 나카가와노리코가 그 섬을 탈출하고 3년. 세계는 테러의 시대로 들어선다. br법을 시행한 국가에 대항하는 사람들에 의해 수도가 파괴되고 계속되는 혼란에 국가는 나나하라슈야를 테러리스트의 주모자로 단정짓고 국제지명수배를 내린다. 수도붕괴 1년 뒤. 반br법조직 '와일드세븐'의 리더가 된 나나하라는 모든 어른을 상대로 선전포고를 하고, 이에 어른들은 나나하라를 말살하기 위해 '정의'라는 이름으로 새로운 게임인 '신세기 테러대책특별법 - 통칭br2'를 가동시킨다. 전국의 불량학생과 문제아를 모아놓은 시카노토리데 중학교 3학년 b반의 학생 42명은 크리스마스를 맞아 스키학교로 향하던 중 군에 납치되어 군복을 강제로 입게 된 채 군의 거대한 텐트 속에 갇히는데 이들의 담임이었던 리키(riki, 다케우치리키)가 나타난다. 리키는 혼란스러워하는 학생들에게 이들이 이번 'br2'에 참가하는 학급으로 선정되었다는 사실과 br2의 룰을 설명한다.
br2의 룰. 1. 외딴 섬에 본거지를 두고 있는 테러리스트 나나하라를 발견해 죽이면 승리 / 2. 제한시간 3일간 / 3. 2명이 한팀이 되어 치르는 페어 태그매치. 이렇게 해서 테러리스트와 싸워야하는 전쟁에 학생들이 강제로 투입된다. 수도의 파괴로 가족을 잃고 나나하라에 대해 복수를 다짐하는 사람과 지원하여 br2에 참가하는 학생도 있는 상황에서 참가를 거부한 아이들이 그 자리에서 사살되고, 죽은 아이와 같은 출석번호의 아이도 새로운 룰인 '페어 태그매치'에 따라 목걸이가 폭파하여 죽는다. 그리하여 남은 '40명'의 학생들은 6척의 자동조종 보트에 태워져 최전선인 전장으로 보내진다. 격렬하게 흔들리는 보트에 필사적으로 매달려서, 파도에 온몸이 젖어가면서 겨우 섬에 상륙하자마자 테러리스트들의 공격이 시작된다.