7년에 단 한번 6개월만 꽃을 피운다는 전설 속의 희귀한 식물 영생란에 대해 연구를 하고 있던 잭 바이런 박사(매튜 마스든)와 연구팀은 이 식물이 영원한 젊음과 불멸에 대한 비밀을 가지고 있다는 것을 알고 제약회사에 시약을 제의, 영생란으로 불리는 '혈난초(Blood orchid)'를 채집하기 위해 보르네오 섬으로 떠난다.
잭의 제자이자 의사인 샘 로저스(카디 스트릭랜드), 팀닥터 벤 더글라스(니콜라스 곤잘레즈) 콜 버리스(유진 버드), 게일 스턴(샐리 리차드슨 윗필드), 고든 미첼(모리스 체스트넛) 등 연구 팀원들은 각자 억만장자의 부푼 꿈을 안고 정글 탐험의 베테랑인 블러디 메리호의 선장 빌 존슨(조니 매스너)과 트란(칼윤)을 앞세워 장마철인 몬순기의 정글을 헤쳐나간다.
혈난초가 지기까지 2주 정도의 시간 밖에 없는 이들은 어쩔 수 없이 위험한 최단코스를 선택하게 되고, 탐사 도중 폭포 밑으로 배가 떨어져 표본과 지도, 컴퓨터 등 장비, 블러디 메리호 등이 모두 부서진다. 하지만 혈난초를 포기할 수 없는 이들은 어쩔수 없이 숲을 가로 질러 혈난초를 찾아 나서고, 이들을 조용히 주시하던 거대한 아나콘다의 공격은 시작된다.
그러나 혈난초를 혼자 차지하기 위해 잭의 배신이 이어지고, 악전고투 끝에 혈난초를 찾았으나 그들보다 먼저 혈난초를 발견한 그룹이 있었으니, 바로 거대한 아나콘다 무리이다. 몬순기를 맞아 짝짓기가 한창인 아나콘다 무리는 혈난초를 먹고 슈퍼 파워와 크기를 더욱 증대하였고, 그들의 고픈 배를 채우기 위해 또다른 먹이를 찾고 있는데...