주인공 라라가 살고 있는 세계는 우리가 살고 있는 세계와 또 다른 곳으로 사람의 영혼이 몸 속에 있지 않고 데몬이란 형태로 존재한다. 이 데몬은 육체적, 정신적으로 일생동안 사람과 동행한다. 라라는 옥스퍼드에 위치한 가장 큰 규모의 조던 대학에서 이 대학의 학자집단인 스콜라 아카데미의 보호를 받으며 자신이 전설의 예언 속‘황금나침반’의 주인이란 사실을 모른 채 살고 있다.
라라의 삼촌인 아스리엘 경은 모든 존재의 근원에 대한 비밀과 현 세계에서 또 다른 세계로의 통로역할을 하는 더스트를 미지의 세계 노스폴에서 발견하고 학계에 보고하지만 매지스테리움은 이를 견제한다. 매지스테리움은 브라이튼과 그 주변의 모든 정치와 사회를 지배하고 있기에 아스리엘 경이 더스트를 발견하면 그들의 권력이 흔들릴 수 있다고 생각하기 때문. 나아가 더스트의 발견이 모든 우주를 정복할 수 있는 그 어떤 기회라고 여긴다.
한편, 라라는 조던 대학의 학장으로부터 과거와 현재, 미래의 비밀을 알려주는 신비의 물건 ‘황금나침반’을 받게 되고 그 황금나침반을 지키는 것이 자신의 운명임을 깨닫게 된다. 그러던 어느날 우연히 알게된 콜터부인으로부터 노스폴로의 동행을 제안받은 라라는 사라진 친구들을 찾기위해 그녀와의 여행을 결심하지만, 점점 ‘황금나침반’을 빼앗으려는 콜터부인의 음모를 눈치채고 그녀로부터의 목숨을 건 탈출을 감행한다. 탈출에 성공한 라라는 인간과 데몬을 분리하는 실험 인터시즌을 자행하는 베일에 쌓이 어둠의 세력 고블러들이 그들의 실험을 위해 아이들을 유괴하는 죄를 서슴지 않는다는 것을 알게되고, 역시 사라진 부족을 찾기 위해 여행을 떠나는 집시족의 도움을 받으며 노스폴로 향한다. 또한 집시족과 함께하는 여정길에 조종사 리 스코스비를 만나 그의 도움을 얻는다. 리 스코스비와의 인연으로 하늘을 나는 헥스족과 그 종족의 리더 세라피나 페칼라의 도움까지 받게 된 라라는 많은 조력자들과 함께 사라진 아이들을 구하기 위한 노스폴로의 여정에 박차를 가한다. 또한 아이스 베어 왕국, 스발바드에서 추방당한 곰으로 라라의 최고의 조력자인 이오렉 버니슨도 그의 갑옷을 찾아준 라라에게 보답하고자 그녀의 옆에서 든든한 지원군이 되어주며 예언의 중심에 있는 ‘황금나침반’을 지키기 위한 그들의 위대한 여정이 시작된다.