부모님의 갑작스러운 죽음으로 고집통이 메리가 영국 요크셔의 고모부 댁으로 오면서 이야기가 시작됩니다. 어느 날 메리는 집 주변을 돌아다니다가 우연히 담쟁이덩굴 속에 가려진 작은 문을 발견합니다. 그렇게 메리는 처음으로 비밀의 화원에 발을 들여놓게 됩니다. 화원 안에 싹터 오르는 꽃들, 맑은 하늘, 신선한 공기, 그리고 비밀의 화원에서 살아가는 동물들과 만나면서 메리는 몸과 마음의 건강한 변화를 경험합니다. 하녀 마사의 동생 디컨은 메리의 좋은 친구가 되어 줍니다. 곧 디컨과 메리는 집 안에서 누워만 있던 콜린과 함께 이 곳을 드나들기 시작합니다. 그러다가 결국 정원사 벤 할아버지에게 들키게 되지요. 그렇지만 벤 할아버지는 비밀의 화원을 알고 있었고, 결국 아이들에게 모든 사실을 이야기해줍니다. 콜린의 어머니와 아버지가 항상 꾸미고 가꾸어 오던 정원이라고 말이지요. 이 말을 들은 콜린은 건강해지기 위해 노력합니다. 결국 콜린은 메리와 디컨처럼 두발로 걷고 뛸 수 있게 됩니다. 웃음을 잃었던 콜린의 아버지도 건강해진 아들 콜린을 보고 웃음을 되찾습니다. 비밀의 화원, 그리고 디컨과 메리가 결국 콜린 부자에게 웃음과 건강을 가져다 준 셈이지요. 전염병으로 부모를 잃어도 눈물조차 흘리지 않고 어디로 가서 살게 되는지 두려워하거나 궁금해하지도 않는 메리의 모습은 읽는 사람들에게 안타까움을 줍니다....