승객 460명을 태우고 그리스 아테네를 출발한 워싱턴행 747 기종 343 민항기가 세계적으로 가장 무자비하고 악명높은 테러 조직의 부사령관 나지 핫산(Nagi: 데이비드 수쉣 분)이 지휘하는 테러리스트에 의해 공중 납치된다. 하이잭킹 조건은, 현재 영국에 수감 중이며 곧 미국으로 소환될 예정인 아랍 테러 조직의 지도자 야파(Jaffa: 안드레아스 캇수라스 분)와, 기내에 탑승하고 있는 460명의 생명과 맞교환이다. 한편, 미국의 정보 분석가이자 국제 테러리즘 연구 전문가인 미육군 정보부 베킹스 연구소 고문(Beckings Research Institute Consultant To U.S. Army Intelligence) 데이빗 그랜트 박사(David Grant: 커트 러셀 분)는 일전에 체첸 마피아에 의해 도난 당한 후 회수 작전마저 실패한, 러시아의 신경 독가스 DZ-5(Nerve Toxin DZ-5)의 공급자가 야파의 측근이라, 이것이 비행기에 실려있어, 그 비행기가 그대로 워싱턴을 공격할 것을 예측한다.

 대통령 비상 관리팀은 747을 워싱톤에 착륙시킬 경우, 워싱턴DC의 수천만 시민이 위협받게 되고, 747이 미국 영공에 진입하기 전 공중 폭파시킬 경우, 기내 탑승자 400여 명의 생명이 희생당하게 되어, 양자 택일의 기로에서 고심한다. 이때 미 테러 진압 특전대(U.S. Army Special Forces Counterterrorist Strike Team) 지휘관인 오스틴 트래비스 중령(Lt. Colonel Austin Travis: 스티븐 시걸 분)이 유일한 해결책을 제시한다. 즉, 폭약 전문 특전 요원을 공중에 실어 나를 수 있는 실험용 항공기를 이용하여 대서양의 5마일 상공에서 747기와 공중 도킹시킨 뒤 특전단 요원인 랫(Rat: 존 레구이자모 분), 캐피(Cappy: 죠 모톤 분), 루이(Louie: B.D. 웡 분) 그리고 베이커를 비밀리에 747에 잠입시키는 것이다. '헬 메리 패스'라는 이름으로 불리는 이 작전에 사용되는 실험용 항공기는 레모라(Remora) F117X로서, 우주 계획용으로 우주 왕복선과 연결되도록 제작된 초음속기인데, 나사측이 도입하지 않아 미공군에서 설계 변경하여 긴급한 사태에 고공 침투 시 폭격기 대원을 침투시키는 용도로 바꾼 것이었다.

 이어, 레모라는 메릴랜드주 앤드류 공군기지(Andrews Air Force Base, Maryland)에서 그 위용을 자랑하며 출발한다. 그런데 이들 외에도 2명의 요원이 더 투입되는데, 그랜트 박사와 특전 요원을 실어나를 수송기의 엔지니어 카힐(Cahill: 올리버 플랫 분)이 그들이다. 그러나 두 비행기의 도킹 과정에서 수송기가 폭발해버리고 특전 요원 중 일부만이 747에 투입된 상태에서 지상과의 통신이 완전히 두절되어 버린다. 특전 요원 전원이 수송기 폭파 중 사망한 것으로 오판한 대통령 비상 관리팀은 747을 폭파시키는 명령 태세에 들어가고, 747에 투입된 특전 요원들은 극히 미세한 반응에도 폭발하고 마는, 테러단의 컴퓨터 작동식 폭탄의 촉발 장치를 제거하고 747이 미국 영공으로 진입하기 전에 조종실을 장악하기 위하여 악전 고투한다. 다행히도 747 기내엔 특수요원들을 도와줄 유일한 아군인 기내 정보에 박식하고 용감하고 여승무원 진(Jean: 할레 베리 분)이 있다